Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats [CRISPR]
CRISPR (Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats) sono sequenze di DNA composte da una successione di ripetizioni (lunghe da 23 a 47 bp) separate da sequenze univoche chiamate distanziatori. Il polimorfismo può essere osservato in diversi ceppi di una specie e può essere utilizzato per la genotipizzazione. Descriviamo protocolli e strumenti bioinformatici che consentono l’identificazione di CRISPR da genomi sequenziati, il loro confronto e la determinazione dei loro componenti (le ripetizioni dirette e gli spaziatori). È possibile produrre una rappresentazione schematica dell’organizzazione del distanziatore, consentendo un facile confronto tra i ceppi.
La scoperta delle ripetizioni del DNA a grappolo è avvenuta in modo indipendente in tre parti del mondo. La prima descrizione di quello che in seguito sarebbe stato chiamato CRISPR è del ricercatore dell’Università di Osaka Yoshizumi Ishino e dei suoi colleghi nel 1987. Hanno accidentalmente clonato parte di una sequenza CRISPR insieme al gene “iap” (conversione isoenzimatica della fosfatasi alcalina) dal genoma di Escherichia coli che era il loro bersaglio. L’organizzazione delle ripetizioni era insolita. Le sequenze ripetute sono tipicamente disposte consecutivamente, senza intervallare sequenze diverse. Non conoscevano la funzione delle ripetizioni raggruppate interrotte.
